Nach einem Beschluss des Grossen Rates des Kantons Bern im Jahr 1962 nahmen am 6. Mai 1963 je drei Seepolizisten ihren Dienst in Ligerz und in Faulensee auf. Im Jahr 1965 kamen dann die zwei Stützpunkte in Bönigen und Hinterkappelen hinzu. Bei einer Reorganisation der Kantonspolizei in den 90-er Jahren wurde die Seepolizei der Stationierten Polizei zugeteilt. Im Jahr 2006 wurde der heutige Fachbereich Seepolizei mit einem eigenen Fachbereichsleiter geschaffen. Die Seepolizei wurde in zwei Seengruppen aufgeteilt:

• Die •Fachstelle Süd mit den Stützpunkten Faulensee/Hafen Güetital für den Thunersee und Bönigen für den Brienzersee.

• Die •Fachstelle Nord mit den Stützpunkten Twann für den Bielersee und Hinterkappelen für den Wohlensee.

Die beiden Fachstellen werden jeweils durch einen Fachstellenleiter geführt. Diese sind in Faulensee und Twann stationiert. Im gesamten Fachbereich sind rund 24 Seepolizisten tätig.