Die Koordinationsstelle ist die Nachfolgeorganisation der SOKO Rebecca, die 1992 durch die Schweizerische Kriminalkommission ins Leben gerufen worden war. Dies, nachdem ab 1982 mehrere Kinder in der Schweiz spurlos unter dem Verdacht eines Verbrechens verschwunden waren. Der damalige Auftrag der SOKO wurde aktualisiert und den heutigen Bedürfnissen angepasst.

Die Koordinationsstelle Gewaltverbrechen an Kindern führt eine Übersicht mit den ungeklärten Fällen, verfolgt die relevanten Ereignisse und Ermittlungen im In- und Ausland und gleicht die sich daraus ergebenden Erkenntnisse mit den ungeklärten Fällen ab.

Im Ereignisfall prüft die Koordinationsstelle zusammen mit den betroffenen Kantonen, ob eine besondere interkantonale Ermittlungsstruktur aufzubauen ist und übernimmt die Koordination der Ermittlungen. Zuständigkeit, Verantwortung und Informationshoheit verbleiben bei den betroffenen Kantonen.

Die Leitung der „Koordinationsstelle Gewaltverbrechen an Kindern“ liegt bei der Kriminalabteilung der Kantonspolizei Bern.